蚯蚓通过排泄及吞食活动能直接影响禽畜粪便的微生物数量，蚓粪中富含多种营养物质，且不易被环境分解，对微生物数量及活性亦具有间接影响。蚯蚓活动分解大分子物质有利于微生物及有益菌群繁殖。经过蚯蚓生物床处理后形成的堆肥中含有丰富的微生物区系，特别是真菌和放线菌的数量增加了两个数量级，原因是在蚯蚓的代谢物中富含构成微生物饲料的主要成分(如多糖类、多种氨基酸和生物酶等)，而且蚯蚓的肠道对某些微生物而言相当于一个小型活动室，其中不少微生物能与蚯蚓互利共生。蚯蚓肠道适中的 pH 值和温度、湿度为放线菌繁殖代谢提供了适宜的环境。另外，蚓粪表面有较多孔隙，能够提供充足的氧气及营养物质，适宜有益微生物的生存繁衍;蚓粪还有助于保持和吸收堆肥中的营养物质。通过吞食周边老化的微生物，蚯蚓能调控蚓触圈内的微生物分布及其群落结构。

     微生物的数量及活性与不同品种蚯蚓的生活习性有关。在提高微生物的活性及数量方面，内层种壮伟环毛蚓比表层种赤子爱胜蚓表现更佳。赤子爱胜蚓生活在堆肥表层，个头较小但繁殖快，多取食碎屑及腐殖质;壮伟环毛蚓个体大，通过挖掘较深的穴道，在永久穴道中完成上食下居的过程，内层种表现出更大的蚓触圈范围。由于不同生态型蚯蚓的生活、取食习惯和个体大小等方面存在明显差异，接种不同种蚯蚓对堆肥微生物的影响有显著差异。